Kiongozi huyo mwenye miaka 78, alikumbana na upinzani mkali katika uchaguzi uliofanyika Mei 21.
Profesa Mutharika ametangazwa mshindi baada kupata 38.5% ya kura zote.
Matokeo yalicheleweshwa baada ya kinara wa upinzani Lazarus Chakwera aliyepata 35.4% ya kura zote, alipoenda mahakamani kupinga uchaguzi huo akidai ulikuwa na kasoro lukuki.
Afa kwenye Ndege kwa kumeza dawa za kulevya
Kutunisha misuli kunaweza athiri uwezo wa kuzaa
Simu yaweza hatarisha afya yako
Matokeo ya uchaguzi huo yametangazwa Jumatatu jioni baada ya Mahakama Kuu kutupilia mbali shauri la upinzani.
Tangazo la Mkuu wa Tume ya Uchaguzi ya Malawi (MEC), Jane Ansah, linaonesha kuwa Mutharika wa chama cha DPP kapata ushindi mwembaba kwa kumshinda mpinzani wake mkuu Chakwera wa MCP kwa kura 159,000 tu.
Makamu wa Rais wa Mutharika, Saulos Chilima, alimaliza katika nafasi ya tatu, akifanikiwa kupata 20% ya kura zote. Awali alidai kuwa jina lake halikuwamo kwenye karatasi ya kupigiwa kura kwa wagombea wa urais.
Ikiwa inakabiliwa na makali ya umasikini, mustakabali wa uchumi na rushwa ndizo zilikuwa mada kuu za uchaguzi huo.
Uchaguzi huo ulikuwa ndio mgumu zaidi na usiotabirika katika historia ya taifa hilo.
Waliopiga kura ni 74% ya raia milioni 6.8 waliojiandikisha kwenye daftari la wapiga kura.
Malawi ilipata uhuru wake kutoka kwa Mwingereza mwaka 1964.
Huu ulikuwa ni uchaguzi wa sita wa urais nchini humo toka utawala wa chama kimoja kukomeshwa mwaka 1994.
Chama cha MCP kilikimbilia mahakamani kikitaka matokeo yasitangazwe wakidai kuna makosa lukuki, ikiwemo wizi wa kura.
MCP ilitaka kura zirudiwe kuhesabiwa walau kwenye majimbo 10 ya uchaguzi kati ya 28.
Katika baadhi ya maeneo kulikuwa na tuhuma za kubadilishwa kwa kura kwa kutumia wino maalumu.
Zuio la kutangazwa matokeo awali lilikubaliwa na mahakama baada ya tume kupokea ripoti 147 za mapungufu.